菲律宾高等教育保障机构主要有： 菲律宾高等教育委员会（CHED） 成立于1994年，主要职责：
（1）行使对本国所有学院和大学的监管权。
（2）负责菲律宾所有公立、私立高等教育机构以及高等教育机构学位项目的监管。
（3）负责开发制订政策，提升国家高等教育的质量。
菲律宾认证机构联盟（FAAP） 成立于1977年，联盟主要关注的是认证，与政府共同负责对教育机构和课程项目进行认证，制订和实施认证的政策、方案、标准及程序等。
1984年，教育、文化和体育部任命联盟为官方实施认证的认可机构。
质量保障机构国家网络组织（NNQAA） 成立于2004年，负责对菲律宾公立高等教育机构进行认证，以确保公立高等教育机构的教育质量。网络组织由高等教育委员会认可，保证了其对公立教育机构认证的权威性。
认证机构 主要负责制订项目认证标准，认证机构对照标准对高等教育机构进行评估，以提供认证结果，或帮助高等教育机构改善和提高质量。
专业监管委员会 负责制订、颁布和实施专业发展标准，确保专业发展质量。
这些高等教育保障机构定位不同，权责分明，评估程序规范。它们通过一系列评估工具，并邀请行业内专家参与，对高校进行严格评估，实行分类认证，以引导和保障高等教育院校的教学质量。 特别说明 在菲律宾，有公立院校和私立院校之分，两种院校通过不同的质量保障机构进行评估认证。
负责公立教育的认证机构主要有： 菲律宾特许学院和大学认证机构（AACCUP）
菲律宾地方院校认证协会（ALCUCOA）
负责私立教育的认证机构主要有： 菲律宾学校、学院和大学认证协会（PAASCU）
菲律宾学院和大学协会-认证委员会（PACU-COA）
菲律宾基督教院校联合会评鉴委员会（ACSCU-AAI）
从菲律宾高等教育保障机构的职责可以看出，菲律宾的高等教育质量保障体系，主要有两个特点： 1、由私立院校发起，与政府监管和专业机构的质量保障相互补充，形成比较完善的质量保障体系。
2、以专业认证为主，并通过政府立法来规范和鼓励院校自愿接受认证，将院校和认证评估作为院校质量保障的重要方式。
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